ID-teoriaa ei yleensä vastusteta itse teorian tai filtterin sisältöä koskevilla argumenteilla, vaan vastustus on tyypillisesti sillä tasolla, että ID-teoriaa pyritään leimaamaan epätieteelliseksi erilaisilla filosofisilla argumenteilla.

Tavallisesti ID-teoriaa vastustetaan seuraavan tapaisilla vastaväitteillä:

Vastaväite: Koska ID-teoria ei anna ennusteita, se ei ole tieteellinen teoria.
ID-vastaus: ID-teoria on luonteeltaan eliminatiivinen filtteri, jota sovelletaan erilaisiin tapauksiin. Se antaa ennusteen omalla alueellaan, eli mikäli joku tarkastelun kohteena oleva asia antaa suunnittelusignaalin teoriassa, teorian ennuste on, että se on suunniteltu. Muita selviä ennusteita tämän luonteinen teoria ei tyypillisesti anna, koska sen avulla ikään kuin kategorisoidaan asioita eri ”lokeroihin” tietyillä ennalta määritetyillä kriteereillä. Vastaavia teorioita tai luokittelusysteemejä ovat esimerkiksi alkuaineiden jaksollinen järjestelmä tai gladistiikka (eliöiden luokittelu ominaisuuksiensa perusteella). Kumpikin antaa ennusteita vain rajatusti ja kumpikin on perusrakenteeltaan ID:n selityssuodattimen kaltainen. Tuskin kukaan väittää esim. alkuaineiden jaksollista järjestelmää epätieteelliseksi, koska se ei anna tarpeeksi ennusteita?
Suunnittelu-teoria laajemmassa mielessä, eli väite, että luonto tai osia siitä on suunniteltu, antaa myös joitain ennusteita.

Vastaväite: Koska ID-teoria olettaa suunnittelijan, jota ei voi tutkia tieteellisesti, se ei ole tieteellinen teoria.
ID-vastaus: ID-teoria ei oleta suunnittelijaa, vaan tutkii kohteita tietyillä kriteereillä ja tekee johtopäätöksiä havainnon alkuperästä, joista yksi vaihtoehto on suunnittelu (ts. kohde on suunnittelun tulos). Jos ko. suunnittelijaa ei voida tutkia kokeellisen tieteen keinoin, se ei silti vaikuta itse ID-teoriaan tai sen paikkaansa pitävyyteen. ID-teoria antaa työkaluja mm. luonnon tutkimiseen tieteellisesti, ja tätä kautta saadaan epäsuorasti tietoa mahdollisesta suunnittelujasta. Kokeellisen tieteen avulla ei yleensäkään voida suoraan tutkia menneitä tapahtumia.

Vastaväite: Koska ID-teoria olettaa Jumalan olemassaolon, se ei ole tieteellinen teoria.
ID-vastaus: ID-teoriassa Jumalan olemassaolo ei ole oletuksena tai premissinä (ks. teorian kuvaus). Tämä vastaväite on selkeästi maailmankatsomuksellinen: ensin ID-teoriaan liitetään Jumalan olemassaolo, ja koska tämä ei omasta maailmankatsomuksesta (materialistinen naturalismi) lähtien ole mahdollista, teoria leimataan epätieteelliseksi.

Vastaväite: Koska ID-teoria ei ole matemaattisessa muodossa, se ei ole tieteellinen teoria.
ID-vastaus: Tieteelliset teoriat eivät useinkaan ole matemaattisessa muodossa (kaavoina). Tällä perusteella mitään teoriaa ei oikeasti voi väittää epätieteelliseksi.

Vastaväite: Koska luonto koostuu elävistä eliöistä, jotka voivat lisääntyä, ID-teoriaa ei pidä soveltaa luontoon tai eläviin eliöihin.
ID-vastaus: ID-teorian rakenne on hyvin yleinen ja sitä voidaan soveltaa mihin tahansa kohteeseen. Kohteesta tarvitaan toki riittävästi tietoa ID-selityssuodattimen käyttämiseksi ja sitä kautta elollisuus ja lisääntyminen voidaan ottaa huomioon (esim. todennäköisyyslaskuissa).

Vastaväite: ID-teoriaa ei oikeasti käytetä arkeologiassa, viestitekniikoissa tai elämän etsimisessä maapallon ulkopuolelta, joten näitä ei tule käyttää perusteluina tai esimerkkeinä ID-teorian käytöstä.
ID-vastaus: Mainituilla aloilla käytetään perusrakenteeltaan täysin samaa ID-teoriaa, mutta termistöt vaihtelevat hieman. ID-teoria on itse asiassa kaikkein yleisin ja tarkin tapaus jokapäiväisessä käytössä olevista suunnittelun tunnistuskonsepteista.

Vastaväite: Koska luonnossa on epätäydellisyyttä, luonto ja eliöt eivät voi olla suunniteltuja.
ID-vastaus: Tämä vastaväite kaikessa filosofisuudessaan olettaa täydellisen suunnittelija, joka käyttää vain täydellisiä optimirakenteita. Tällainen oletus on mielivaltainen eikä liity lainkaan itse ID-teoriaan. Joitain tämän väitteen kaltaisia spesifisempiä väitteitä on käsitelty artikkelissa Huonoa suunnittelua?

Vastaväite: Koska ID-teoriaa ei ole julkaistu tieteen valtavirran julkaisusarjoissa, se ei ole tieteellisen teoria.
ID-vastaus: Julkaisutapa ei ratkaise teorian tieteellisyyttä, eikä myöskään tieteen valtavirran hyväksyntä. Tieteellisyyden ratkaisee teorian käytön luotettavuus sekä muu havaintoaineisto, joka teorian pohjalta saadaan. Valitettavasti maailmankatsomuksellisista ja filosofisista syistä ID:tä kannattavien tiedemiesten julkaisuja on vahvasti sensuroitu tieteen valtavirran julkaisusarjoissa, ja siksi julkaisut ovat yleensä lehdissä ja kirjoissa, jotka ovat marginaaliasemassa koko tieteelliseen kenttään nähden.

Vastaväite: Koska ID-teorialla ei ole tiedeyhteisön virallista tukea, se ei ole tieteellinen teoria.
ID-vastaus: Tuen puuttumisessa ratkaisevassa asemassa on maailmankatsomukselliset näkökulmat, eivät itse ID-teorian rakenteet, konseptit tai sisällöt (vrt. edellinen vastaväite). Tieteen historiassa on hyvin tavallista, että vanhat ja vakiintuneet teoriat ja ajattelumallit ovat vallalla hyvin pitkään, vaikka kumoavaa havaintoaineistoa olisi runsaasti ja uusia parempia teorioita olisi vaihtoehtona (esim. flogiston-teoria kemiassa). Valtaa pitävien näkemys usein jyrää hyvätkin vaihtoehdot, ja vasta valtaa pitävien vaihduttua on saatu raikkaita tuulia ajattelumalleihin.